冷冻干燥机的清理工作对风冷冷凝器的制冷系统需要定期清洁散热片以去除灰尘和污垢。可使用带有喷嘴刷的，注意不要损坏或弯曲散热片。内腔和搁板表面必须保持清洁。每次运行后须对其进行清洁，确保清除溢出的产品、瓶塞和碎玻璃。对热电偶导线和插孔应格外小心。预防性维护计划有助于确保所有定期维护项目都按照建议的时间表进行，这将有助于保持冷冻干燥机的高性能运行。
在每个循环开始前确认设备清洁是一个很好的练习，特别是当实验室环境中有许多用户时，不锈钢表面可以用大部分酒精安全地清洗，但是在透明的丙烯酸门周围应该小心，因为一些清洗溶剂会腐蚀和开裂这种门。在产品中使用有机溶剂的情况下，在循环后必须格外小心，以防止熔化的冷凝物停留在冷凝器门上。
采取适当措施清除冷凝水。如果在该过程中酸被冻干，则需要通过向腔室中喷洒PH缓冲液来进行中和步骤。
冷冻干燥机的换油标如下：
1.根据使用时长；可以把每次使用的时长进行统计并得出一个参考性的换油时间标准，以后沿用；
2.听真空泵运行时的噪音大小及运行声音是否发生异常；
3.直观方式是通过真空泵后部的视窗观察目前泵内油的颜色，如果变得比较浑浊带颜色就需要及时更换泵油了。
更换步骤：
1.把泵与冻干机主机相连的电源线从主机后部拔掉；
2.把泵与冻干机相连的大的粗管连接泵一端的夹具拧松卸下，把它下方的接口垫圈小心从泵口拿起放到一边；
3.把泵抬起，准备好换油工具(盆、瓶子、胶带、中红外带的内六角工具袋、漏斗、泵油等)；
4.把放油孔的螺丝逆时针拧开，用瓶把旧油接住，防止螺丝冲到瓶中；
5.把泵中旧油倒净，将放油孔螺丝清理一下，可以缠上新的生胶带，然后用内六角螺丝重新拧上，因为滑丝，所以只要拧到比较紧就可以了；
6.把泵上表面注油孔螺丝拧开，灌上适量新油，注意观察放油孔处是否漏油，如果不漏可以继续灌油，直到灌至视窗两条标志线的中间位置即可；
7.拧上注油孔螺丝，将泵抬至原位，重新把抽气管子跟泵连接，注意先把垫圈放上；
8.把电源线与真空冷冻干燥机主机连接；
9.开启主机，进入抽真空界面，点一下界面上的真空泵按钮，然后打开泵电源开关；
10.在抽真空初期的几分钟泵声音比较大，很快大量气被抽出后声音会变小，在油质比较好的状态下真空泵噪音不大，运行过程中注意观察泵后部是否漏油。
